原則的に保税地域に搬入後、輸入(納税)申告書を保税地域を所轄する税関長に申告し、貨物に必要な検査を受け、輸入の許可を受けて貨物を引き取ることができる。例外的に、本船扱い(外国貿易船に積み込んだまま検査や許可を受ける)やふ中扱い(はしけ等に積み込んだ状態で検査および許可)、搬入前申告扱い(保税地域に搬入後に輸入申告すると法令改正により納税額が増加する等)、到着即時輸入申告扱い(NACCS使用の上貨物を迅速に引き取る必要性が認められる)の場合は、税関長の承認を受ければ保税地域に入れる必要がない。