特例申告を行う場合、その許可の日の属する月の翌月末日(提出期限)までに輸入を許可した税関長に「特例申告書」を提出する必要がある。その提出期限後においても、税関長の決定の処分があるまで、特例申告書を輸入許可した税関長へ提出することができる。この特例申告は「期限後特例申告」という。この場合、無申告加算税の対象になることがある。