関税関係以外の法令で、貨物の種類のよって輸出または輸入に関する許可、承認等の提出が必要となる。他法令に基づく許可、承認書等は必ず税関長への証明を要する。例えば、食品を輸入する者は食品衛生法に基づき、厚生労働大臣に届け出る義務がある。また、輸出する貨物が国際安全を脅かす兵器等に使用される恐れがある場合は、輸出貿易管理令に基づき経済産業大臣の許可が必要となるなど、様々なケースがある。