納税申告された税額が過少であった場合、過少税額に応じて課税される。 

原則、当該修正申告等により増加した税額の10％に相当する金額の過少申告加算税が課されるが、税関長による調査があったことにより関税について更正があるべきことを予知してされたものでない修正申告の場合には、納付すべき税額(増差税額)の５％が過少申告加算税として課される。