輸出通関手続きは、輸出申告から始まり輸出申告の審査、保税地域への搬入、貨物の検査、輸出の許可という流れが原則である。例外として、税関長の承認を受けて貨物を外国貿易船等に積み込んだ状態で、外国貿易船等の係留場所を所轄する税関長に対して輸出申告することができる(本船扱い及びふ中扱い)。